חומרי הניגוד הם חומרי צבע המשפיעים על זיהוי ואבחון מחלות
בחלק מבדיקות CT, למשל CT בטן, נעשה שימוש תכוף בחומרי ניגוד על בסיס יוד. היוד ניתן בשתייה בבדיקות בטן ואגן, ממלא את המעי ומאפשר הערכה טובה של מערכת העיכול. היוד ניתן בהזרקה תוך ורידית באמצעות מזרק ממוחשב, הוא צובע את כלי הדם והאיברים הפנימיים , ומשפר במידה רבה את איכות הבדיקה. באמצעות היוד ניתן לזהות רקמות חולות (כולל גידולים סרטניים), וניתן לאפיין לעיתים את סוג וחומרת המחלה. כמו כן ניתן להעריך את כלי הדם אשר נצבעים ראשונים ואת מערכת השתן אשר מפרישה את היוד. הזרקת יוד חשובה במיוחד בחשד, או במעקב אחר מחלות ממאירות ומאפשרת קביעת צורך והתאמה לניתוח וכן את התגובה לטיפולים כימותרפיים והקרנות. גם בבדיקות ה MRI מוזרק חומר ניגודי. כאן מדובר בחומר ניגודי אחר שאיננו יודי אלא משפיע על התנהגות הרקמות בשדה המגנטי. גם בבדיקות אלו לחומר הניגוד תפקיד מכריע. כמות חומר הניגוד המוזרקת חשובה מאוד. הזרקת כמות מופחתת של חומר ניגודי יכולה לגרום ללאי אבחון, לאבחון לא מדויק ואף לאבחון שגוי. לדוגמא, יתכן מצב בו חולה ישלח לניתוח מורכב לטיפול במחלת הסרטן בהתבסס על בדיקת CT או בדיקתMRI במחשבה שאינו סובל מגרורות, מסרטן מפושט, כאשר למעשה התפשטות המחלה לא מודגמת בשל שימוש בכמות יוד לא מספקת. במקרה כזה הניתוח עלול להיות מיותר ויתכן גם שהחולה מקבל טיפול תרופתי שאינו נכון. לא רק כמות חומר הניגוד המוזרק חשובה, חשובים מאוד גם קצב ההזרקה וכן תזמון ההזרקה והסריקה-התאמת זמן הסריקה לשלב בו צביעת היוד של איברי הגוף היא הטובה ביותר. בדיקת CT בה נסרק הגוף מוקדם או מאוחר מדי, עלולה להוביל לטעות באיבחון. לדוגמה, יתכן מצב בו לא יזוהה גידול סרטני למרות הזרקת כמות חומר ניגוד מתאימה, בשל הזרקה בקצב איטי מדי, או בשל סריקה בזמן לא מתאים בו הסרטן עדיין בלתי ניתן לזיהוי.
